中大轄下的香港微生物菌群創新中心全球首次證實，「長新冠」患者擁有獨特的腸道微生態，顯示腸道微生態是引致「長新冠」的關鍵因素。透過檢測「長新冠型腸道微生態」可診斷受多種症狀持續困擾的新冠肺炎康復者是否患上「長新冠」，分析腸道微生態更可區分不同類別的「長新冠」，對症下藥。

不少新冠肺炎患者康復後出現俗稱「長新冠」的後遺症，常見症狀包括記憶力差、脫髮及睡眠困難。中大醫學院研究發現「長新冠」患者的腸道缺少幾種能提高人體免疫力的腸道細菌，反映腸道微生態失衡是導致「長新冠」的主因，透過調節腸道健康，可以促進患者的痊癒及減少相關後遺症出現。

有研究發現，接種了科興或復必泰疫苗的人士如腸道有充足的「青春雙歧桿菌」，疫苗成效較好。「青春雙歧桿菌」與生俱來，但隨著年齡、飲食、壓力和使用抗生素等多個因素導致數量下降。中大與港大合作的研究揭示，缺乏青春雙歧桿菌的人士接種這兩款疫苗後出現的抗體水平較低，意味透過補充「青春雙歧桿菌」可提高新冠疫苗成效，增強保護力。

大便隱血測試常用於大腸癌篩查，但靈敏度低及無法偵測瘜肉，要得知瘜肉有否復發，只能靠入侵性的大腸鏡檢查。中大醫學院團隊突破現有技術，研發出全球首個高靈敏度、非入侵性，以糞便細菌基因偵測大腸癌的技術，其偵測大腸癌的靈敏度達94%，瘜肉復發偵測亦超過90%。